Идентификация Bos taurus и Bos grunniens на основании SNP

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

В статье исследованы образцы домашнего яка и трех пород крупного рогатого скота для оценки дифференцирующего потенциала полиморфных вариантов Сhr4:68609356G>T (ген JAZF1), Chr14:35695388G>T (ген SLCO5A1) и Chr19:63181970C>G (ген CEP112). Подтверждена высокая точность (99.67%), специфичность (100%) и чувствительность (100%) предложенной тест-модели, состоящей из этих трех полиморфизмов, для идентификации домашних яков и крупного рогатого скота. Разработан быстрый и простой метод идентификации на основе данной модели с использованием технологии конкурентной аллель-специфической ПЦР (KASP), что позволяет существенно сократить временные и финансовые затраты на молекулярно-генетический анализ, а также снизить риск перекрестного загрязнения образцов.

Полный текст

Доступ закрыт

Об авторах

В. Н. Кипень

Институт генетики и цитологии Национальной академии наук Беларуси

Автор, ответственный за переписку.
Email: v.kipen@igc.by
Белоруссия, Минск

Ж. Т. Исакова

Научно-исследовательский институт молекулярной биологии и медицины; Кыргызско-Турецкий Университет “Манас”

Email: v.kipen@igc.by
Казахстан, Бишкек; Бишкек

М. М. Патрин

OOO “Максим Медикал”

Email: v.kipen@igc.by
Россия, Москва

К. Б. Чекиров

Кыргызско-Турецкий Университет “Манас”

Email: v.kipen@igc.by
Казахстан, Бишкек

К. А. Айтбаев

Научно-исследовательский институт молекулярной биологии и медицины

Email: v.kipen@igc.by
Казахстан, Бишкек

А. Р. Карыпова

Кыргызско-Турецкий Университет “Манас”

Email: v.kipen@igc.by
Казахстан, Бишкек

М. И. Ирсалиев

Научно-исследовательский институт молекулярной биологии и медицины

Email: v.kipen@igc.by
Казахстан, Бишкек

Список литературы

  1. Wang X., Pei J., Xiong L. et al. Genetic diversity, phylogeography, and maternal origin of yak (Bos grunniens) // BMC Genomics. 2024. V. 15. № 25(1). Р. 481. P. 1–13. https://doi.org/10.1186/s12864-024-10378-z
  2. Chekirov K.B., Isakova Zh.T., Kipen V.N. et al. Differentiation of Bos grunniens and Bos taurus based on STR locus polymorphism // Vavilov J. of Genet. and Breeding. 2023. V. 27(5). Р. 488–494. https://doi.org/10.18699/VJGB-23-59
  3. Stolpovsky Y.A., Kol N.V., Evsyukov A.N. et al. Comparative analysis of ISSR marker polymorphism in population of YAK (Bos mutus) and in F1 hybrids between yak and cattle in the Sayzn-Altai region // Russ. J. Genet. 2014. V. 50. № 10. Р. 1163–1176. https://doi.org/10.7868/S0016675814100142
  4. Аль-Кейси Т.В. Сравнительное исследование аллелофонда яков и их гибридов с крупным рогатым скотом с использованием микросателлитов: дис. … канд. биол. наук. М.: ВИЖ, 2011. 97 с.
  5. Kipen V.N., Snytkov E.V. GENIS – methodological approach for in silico genotyping (validation on Sus scrofa sequencing) // Mathematical Biol. and Bioinf. 2024. V. 19(1). Р. 36–51. https://doi.org/10.17537/2024.19.36
  6. Sequence Read Archive (SRA) [электронный ресурс]. URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra. Дата доступа: 20.06.2024.
  7. Ritchie M.D., Hahn L.W., Roodi N. et al. Multifactor-dimensionality reduction reveals high-order interactions among estrogen-metabolism genes in sporadic breast cancer // Am. J. Hum. Genet. 2001. V. 69(1). Р. 138–147. https://doi.org/10.1086/321276
  8. Kalbfleisch T., Petersen J.L., Tait Jr. R.G. et al. Using triallelic SNPs for determining parentage in North American yak (Bos grunniens) and estimating cattle (B. taurus) introgression // F1000Research. 2020. V. 9(1096). Р. 1–26. https://doi.org/10.12688/f1000research.25803.2
  9. BovineHD DNA Analysis Kit [электронный ресурс]. Режим доступа: https://www.illumina.com/products/by-type/microarray-kits/bovinehd.html. Дата доступа 21.06.2024.
  10. Eusebi P.G., Sevane N., O’Rourke T. et al. Gene expression profiles underlying aggressive behavior in the prefrontal cortex of cattle // BMC Genomics. 2021. V. 22(245). Р. 1–14. https://doi.org/10.1186/s12864-021-07505-5
  11. Jin M., Wang H., Liu G. et al. Whole-genome resequencing of Chinese indigenous sheep provides insight into the genetic basis underlying climate adaptation // Genet. Sel. Evol. 2024. V. 2. № 56(1). Р. 1–14. https://doi.org/10.1186/s12711-024-00880-z
  12. Zhao F., McParland S., Kearney F. et al. Detection of selection signatures in dairy and beef cattle using high-density genomic information // Genet. Select. Evol. 2015. V. 47(1). № 49. Р. 1–12. https://doi.org/10.1186/s12711-015-0127-3
  13. Johansson A., Marroni F., Hayward C., Franklin C.S. et al. Common variants in the JAZF1 gene associated with height identified by linkage and genome-wide association analysis // Hum. Mol. Genet. 2009. V. 18(2). Р. 373–380. https://doi.org/10.1093/hmg/ddn350
  14. Lima Verardo L.L. Gene networks from genome wide association studies for pig reproductive traits: Tese (Doutorado em Zootecnia). Viçosa: Universidade Federal de Viçosa, 2015. 170 р. http://www.locus.ufv.br/handle/123456789/6773
  15. Gaddis K.L.Р., Megonigal J.H., Clay J.S., Wolfe C.W. Genome-wide association study for ketosis in US Jerseys using producer-recorded data // J. Dairy Sci. 2018. V. 101(1). Р. 413–424. https://doi.org/10.3168/jds.2017-13383
  16. Zeng X. Angus cattle at high altitude: Рulmonary arterial pressure, estimated breeding value and genome-wide association study: Diss. ... PHD. Colorado: Department of Animal Sci., Colorado State Univ., 2016. 259 p.
  17. Kim S., Cheong H.S., Shin H.D. et al. Genetic diversity and divergence among Korean cattle breeds assessed using a BovineHD single-nucleotide polymorphism chip // Asian-Australas J. Anim. Sci. 2018. V. 31(11). Р. 1691–1699. https://doi.org/10.5713/ajas.17.0419
  18. Lee J., Mun H., Koo Y. et al. Enhancing genomic prediction fccuracy for body conformation traits in Korean Holstein Cattle // Animals. 2024. V. 14(7). P. 1–14. https://doi.org/10.3390/ani14071052

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1. График аллельной дискриминации результатов KASP для полиморфизмов: a – Сhr4:68609356G>T (JAZF1); б – Chr14:35695388G>T (SLCO5A1); в – Chr19:63181970C>G (CEP112).

Скачать (418KB)
Метаданные
3. Рис. 2. Графическое представление модели из трех полиморфизмов для идентификации домашнего яка и КРС: а – 202 образца (образцы из Кыргызстана); б – 611 образцов (образцы из Кыргызстана и данные SRA).

Скачать (250KB)
Метаданные

© Российская академия наук, 2025