Два новых вида рода Cryptomonas (Cryptophyta: Cryptophyceae) из Национального парка Каттьен (Вьетнам)
- Авторы: Мартыненко Н.А.1,2, Гусев Е.С.1,2, Хуан Ф.2
-
Учреждения:
- Институт проблем экологии и эволюции им. А.Н. Северцова Российской академии наук
- Приморское отделение Совместного Российско-Вьетнамского Тропического научно-исследовательского и технологического центра
- Выпуск: Том 17, № 6 (2024)
- Страницы: 885-896
- Раздел: БИОЛОГИЯ, МОРФОЛОГИЯ И СИСТЕМАТИКА ГИДРОБИОНТОВ
- URL: https://kazanmedjournal.ru/0320-9652/article/view/670022
- DOI: https://doi.org/10.31857/S0320965224060033
- EDN: https://elibrary.ru/WYWKUQ
- ID: 670022
Цитировать
Аннотация
Описано два новых вида рода Cryptomonas из Национального парка Каттьен (Вьетнам) – Сryptomonas pascheri и C. playfairii, на основании морфологических характеристик и молекулярно-генетического анализа регионов 18S, 28S, ITS2 рДНК и psb A хпДНК, а также концепции компенсаторных замен оснований (CBCs). Оба вида входят в одну кладу с C. lundii . С. pascheri морфологически схож c другими видами клады, a C. playfairii имеет существенные морфологические различия. У каждого из описанных видов выявлены молекулярно-генетические отличия от родственных видов в кладе C. lundii .
Об авторах
Н. А. Мартыненко
Институт проблем экологии и эволюции им. А.Н. Северцова Российской академии наук; Приморское отделение Совместного Российско-Вьетнамского Тропического научно-исследовательского и технологического центра
Автор, ответственный за переписку.
Email: nikita-martynenko@yandex.ru
Россия, Москва; Нячанг, Вьетнам
Е. С. Гусев
Институт проблем экологии и эволюции им. А.Н. Северцова Российской академии наук; Приморское отделение Совместного Российско-Вьетнамского Тропического научно-исследовательского и технологического центра
Email: nikita-martynenko@yandex.ru
Россия, Москва; Нячанг, Вьетнам
Фан Чонг Хуан
Приморское отделение Совместного Российско-Вьетнамского Тропического научно-исследовательского и технологического центра
Email: nikita-martynenko@yandex.ru
Вьетнам, Нячанг
Список литературы
- Дещеревс кая О.А., Авилов В.К., Ба Зуй Динь и др. 2013. Современный климат национального парка Кат Тьен (южный Вьетнам): использование климатических данных для экологических исследований // Геофизические процессы и биосфера. Т. 12. № 2. С. 5.
- Киселев И.А. 1954. Пирофитовые водоросли // Определитель пресноводных водорослей СССР. Вып. 6.
- Кулизин П.В., Мартыненко Н.А., Гусев Е.С. и др. 2022. Новые для флоры России виды рода Cryptomonas (Cryptophyceae) // Биология внутр. вод. № 3. С. 222. h ttps://doi.org/10.31857/S032096522203010X
- Матвієнко О.М., Литвиненко Р.М. 1977. Пірофітові водорості – Pyrrophyta // Визначник прісноводних водоростей Української РСР. Т. 3. Ч. 2. Киев: Наук. думка.
- Хохлова О.С., Мякшина Т.Н., Кузнецов А.Н., Губин С.В. 2017. Морфогенетические особенности почв Национального парка Кат Тьен, Южный Вьетнам // Почвоведение. № 2. С. 176. https://doi.org/10.7868/S0032180X1612008X
- Akaike H. 1974. A new look at the statistical model identification // IEEE Trans. Autom. Control. V. 19(6). P. 716. h ttps://doi.org/10.1109/TAC.1974.1100705
- Altenburger A., Blossom H.E., Garcia-Cuetos L. et al. 2020. Dimorphism in cryptophytes – The case of Teleaulax amphioxeia / Plagioselmis prolonga and its ecological implications // Sci. Adv. V. 6(37). eabb1611. h ttps://doi.org/10.1126/sciadv.abb161
- Andersen R.A. 2005. Algal Culturing Techniques. Oxford: Elsevier Acad. Press.
- Blanc L., Maury-Lechon G., Pascal J.P. 2000. Structure, floristic composition and natural regeneration in the forests of Cat Tien National Park, Vietnam: an analysis of the successional trends // J. Biogeogr. V. 27(2). P. 141. h ttps://doi.org/10.1046/j.1365-2699.2000.00347.x
- Byun Y., Han K. 2006. PseudoViewer: web application and web service for visualizing RNA pseudoknots and secondary structures // Nucleic Acids Res. V. 34 (Suppl. 2). P. 416. h ttps://doi.org/10.1093/nar/gkl210
- Caisová L., Marin B., Melkonian M. 2013. A consensus secondary structure of ITS2 in the Chlorophyta identified by phylogenetic reconstruction // Protist. V. 164(4). P. 482. h ttps://doi.org/10.1016/j.protis.2013.04.005
- Choi B., Son M., Kim J.I., Shin W. 2013. Taxonomy and phylogeny of the genus Cryptomonas (Cryptophyceae, Cryptophyta) from Korea // Algae. V. 28(4). P. 307. https://doi.org/10.4490/algae.2013.28.4.307
- Clay B.L., Kugrens P., Lee R.E. 1999. A revised classification of the Cryptophyta // Bot. J. Linn. Soc. 131(2). P. 131. h ttps://doi.org/10.1111/j.1095-8339.1999.tb01845.x
- Coleman A.W. 2000. The significance of a coincidence between evolutionary landmarks found in mating affinity and a DNA sequence // Protist. V. 151(1). P. 1. h ttps://doi.org/10.1078/1434-4610-00002
- Coleman A.W. 2009. Is there a molecular key to the level of “biological species” in eukaryotes? A DNA guide // Mol. Phylogenet. Evol. V. 50(1). P. 197. h ttps://doi.org/10.1016/j.ympev.2008.10.008
- Douglas S.E., Murphy C.A., Spencer D.F., Gray M.W. 1991. Cryptomonad algae are evolutionary chimaeras of two phylogenetically distinct unicellular eukaryotes // Nature. № 350(6314). P. 148. h ttps://doi.org/10.1038/350148a0
- George E.E., Barcytė D., Lax G. et al. 2023. A single cryptomonad cell harbors a complex community of organelles, bacteria, a phage, and selfish elements // Curr. Biol. V. 33(10). P. 1982. h ttps://doi.org/10.1016/j.cub.2023.04.010
- Gillespie J.J., Johnston J.S., Cannone J.J., Gutell R.R. 2006. Characteristics of the nuclear (18S, 5.8 S, 28S and 5S) and mitochondrial (12S and 16S) rRNA genes of Apis mellifera (Insecta: Hymenoptera): structure, organization, and retrotransposable elements // Insect Mol. Biol. V. 15(5). P. 657. h ttps://doi.org/10.1111/j.1365-2583.2006.00689.x
- Guiry M.D., Guiry G.M. 2023. AlgaeBase. World-wide electronic publication. Galway: National University of Ireland. h ttps://www.algaebase.org ; дата обращения 27 ноября 2023 г.
- Gusev E.S., Doan N.H., Nguyen N.L. 2017. Silica-scaled chrysophytes from Cat Tien National Park (Dong Nai Province, Vietnam) // Nova Hedwigia. V. 105(3). P. 347. h ttps://doi.org/10.1127/nova_hedwigia/2017/0416
- Gusev E., Podunay Y., Martynenko N. et al. 2020. Taxonomic studies of Cryptomonas lundii clade (Cryptophyta: Cryptophyceae) with description of a new species from Vietnam // Fottea, Olomouc. V. 20(2). P. 137. h ttps://doi.org/10.5507/fot.2020.004
- Gusev E., Karthick B., Martynenko N. et al. 2021. Cryptomonas indica sp. nov. (Cryptophyceae: Cryptomonadales), a new species described from the Western Ghats, India // Phytotaxa. V. 518. P. 261. h ttps://doi.org/10.11646/phytotaxa.518.4.3
- Gusev E., Martynenko N., Kulizin P., Kulikovskiy M. 2022. Molecular diversity of the genus Cryptomonas (Cryptophyceae) in Russia // Eur. J. Phycol. V. 57(4). P. 526. h ttps://doi.org/10.1080/09670262.2022.2031304
- Gusev E., Martynenko N., Shkurina N. et al. 2023. An Annotated Checklist of Algae from the Order Synurales (Chrysophyceae) of Viet Nam // Diversity. V. 15(2). P. 183. h ttps://doi.org/10.3390/d15020183
- Hill D.R.A. 1991a. Chroomonas and other blue-green cryptomonads // J. Phycol. V. 27. P. 133. https://doi.org/10.1111/j.0022-3646.1991.00133.x
- Hill D.R.A. 1991b. A revised circumscription of Cryptomonas (Cryptophyceae) based on examination of Australian strain // Phycologia. V. 30. P. 170. h ttps://doi.org/10.2216/i0031-8884-30-2-170.1
- Hill D.R.A., Rowan K.S. 1989. The biliproteins of the Cryptophyceae // Phycologia. V. 28. P. 455. https://doi.org/10.2216/I0031-8884-28-4-455.1
- Hill D.R.A., Wetherbee R. 1989. A reappraisal of the genus Rhodomonas (Cryptophyceae) // Phycologia. V. 28. P. 143. h ttps://doi.org/10.2216/i0031-8884-28-2-143.1
- Hoef-Emden K., Melkonian M. 2003. Revision of the genus Cryptomonas (Cryptophyceae): a combination of molecular phylogeny and morphology provides insights into a long-hidden dimorphism // Protist. V. 154(3–4). P. 371. h ttps://doi.org/10.1078/143446103322454130
- Hoef-Emden K. 2005. Multiple independent losses of photosynthesis and differing evolutionary rates in the genus Cryptomonas (Cryptophyceae): combined phylogenetic analyses of DNA sequences of the nuclear and the nucleomorph ribosomal operons // J. Mol. Evol. V. 60. P. 183. h ttps://doi.org/10.1007/s00239-004-0089-5
- Hoef-Emden K., Tran H.D., Melkonian M. 2005. Lineage-specific variations of congruent evolution among DNA sequences from three genomes, and relaxed selective constraints on rbc L in Cryptomonas (Cryptophyceae) // BMC Evol. Biol. V. 5. P. 1. https://doi.org/10.1186/1471-2148-5-56
- Hoef-Emden K. 2007. Revision of the genus Cryptomonas (Cryptophyceae) II: Incongruences between classical morphospecies concept and molecular phylogeny in smaller pyrenoid-less cells // Phycologia. V. 46(4). P. 402. h ttps://doi.org/10.2216/06-83.1
- Hoef-Emden K., Archibald J.M. 2017. Cryptophyta (Cryptomonads) // Handbook of the Protists. Cham: Springer International Publishing. P. 851.
- Hornberger L.O., Maggard I.J., Matthews R.A., Cahoon A.B. 2023. Cryptomonas pyrenoidifera organellar genomes and estimation of its ITS2 sequence diversity using lineage directed barcode primers // Phycologia. V. 62(3). P. 280. h ttps://doi.org/10.1080/00318884.2023.2202069
- Javornický P., Hindák F. 1970. Cryptomonas frigoris spec. nova (Cryptophyceae), the new cyst-forming flagellate from the snow of the High Tatras // Biologia. V. 25(4). P. 241.
- Katoh K., Toh H. 2010. Parallelization of the MAFFT multiple sequence alignment program // Bioinformatics. V. 26(15). P. 1899. h ttps://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq224
- Kumar S., Stecher G., Li M. et al. 2018. MEGA X: Molecular evolutionary genetics analysis across computing platforms // Mol. Biol. Evol. V. 35(6). P. 1547. https://doi.org/10.1093/molbev/msy096
- Lund J.W.G. 1942. Contributions to our knowledge of British algae. VIII // J. Bot. V. 80. P. 57.
- Martynenko N.A., Gusev E.S., Kulizin P.V. et al. 2020a. A new species of Cryptomonas (Cryptophyceae) from the Western Urals (Russia) // Europ. J. Taxon. V. 649. P. 1. h ttps://doi.org/10.5852/ejt.2020.649
- Martynenko N.A., Gusev E.S., Kapustin D.A. et al. 2020b. Cryptomonas cattiensis sp. nov. (Cryptophyceae: Cryptomonadales), a new species described from Vietnam // Phytotaxa. V. 454(2). P. 127. h ttps://doi.org/10.11646/phytotaxa.454.2.4
- Martynenko N., Kezlya E., Gusev E. 2022a. Description of a new species of the genus Cryptomonas (Cryptophyceae: Cryptomonadales), isolated from soils in a tropical forest // Diversity. V. 14(11). P. 1001. h ttps://doi.org/10.3390/d14111001
- Martynenko N.A., Gusev E.S., Sterlyagova I.N., Kulikovskiy M.S. 2022b. Revealing hidden diversity in the Cryptomonas erosa clade (Cryptophyceae), with the description of two new species from acidic habitats // Phycologia. V. 61(2). P. 184. h ttps://doi.org/10.1080/00318884.2022.2025727
- Mittermeier R.A., Turner W.R., Larsen F.W. et al. 2011. Global biodiversity conservation: the critical role of hotspots // Biodiversity hotspots: distribution and protection of conservation priority areas. Berlin: Springer. P. 3.
- Müller T., Philippi N., Dandekar T. et al. 2007. Distinguishing species // RNA. V. 13(9). P. 1469. h ttps://doi.org/10.1261/rna.617107
- Pascher A. 1925. Neue oder wenig bekannte Protisten. XV. Neue oder wenig bekannte Flagellaten. XIII // Archiv für Protistenkunde. V. 50. P. 486.
- Playfair G.I. 1921. Australian freshwater flagellates // Proceedings of the Linnaean Society of New South Wales. V. 46.
- Ronquist F., Huelsenbeck J.P. 2003. MrBayes 3: Bayesian phylogenetic inference under mixed models // Bioinformatics. V. 19(12). P. 1572. h ttps://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg180
- Schultz J., Maisel S., Gerlach D. et al. 2005. A common core of secondary structure of the internal transcribed spacer 2 (ITS2) throughout the Eukaryota // RNA. V. 11(4). P. 361. h ttps://doi.org/10.1261/rna.7204505
- Schwarz G. 1978. Estimating the dimension of a model // The annals of statistics. V. 6(2). P. 61. h ttps://doi.org/10.1214/aos/1176344136
- Tanifuji G., Kamikawa R., Moore C.E. et al. 2020. Comparative plastid genomics of Cryptomonas species reveals fine-scale genomic responses to loss of photosynthesis // Genome Biol. Evol. V. 12(2). P. 3926. h ttps://doi.org/10.1093/gbe/evaa001
- Wolf M., Chen S., Song J. et al. 2013. Compensatory base changes in ITS2 secondary structures correlate with the biological species concept despite intragenomic variability in ITS2 sequences – A proof of concept // PloS ONE. V. 8(6). e66726. h ttps://doi.org/10.1371/journal.pone.0066726
- Wuyts J., Van de Peer Y., De Wachter R. 2001. Distribution of substitution rates and location of insertion sites in the tertiary structure of ribosomal RNA // Nucleic Acids Res. V. 29(24). P. 5017. h ttps://doi.org/10.1093/nar/29.24.5017
- Zuker M. 2003. Mfold web server for nucleic acid folding and hybridization prediction // Nucleic Acids Res. V. 31(13). P. 3406. h ttps://doi.org/10.1093/nar/gkg595
Дополнительные файлы
