Жидкостная биопсия плазмы и цереброспинальной жидкости с выявлением внеклеточной опухолевой ДНК как инструмент для диагностики и генотипирования глиом: наблюдательное одномоментное пилотное исследование

Обоснование. Жидкостная биопсия является перспективным методом анализа опухолевого генетического материала в плазме и цереброспинальной жидкости. Эти биологические среды характеризуются низкой концентрацией данного материала. Предполагается, что предварительная амплификация может повысить чувствительность анализа.

Цель исследования. Оценить выявляемость и содержание внеклеточного опухолевого генетического материала в плазме и ликворе пациентов с глиомами с помощью цифровой капельной полимеразной цепной реакции без и с использованием преамплификации.

Методы. В исследование включены образцы плазмы и цереброспинальной жидкости 25 пациентов с впервые установленной глиомой, которым была назначена операция по частичному или полному удалению опухоли. ДНК выделяли из 2,5–5 мл ликвора и 5 мл плазмы. Каждый образец анализировали с помощью цифровой капельной полимеразной цепной реакции на наличие мутаций генов IDH1 R132H и промотора TERT C228T и C250T. Поиск мутаций проводили как в растворе выделенной ДНК, так и в растворе после предварительной амплификации. Порог ложноположительных сигналов устанавливали в серии экспериментов с анализом образцов дикого типа и отрицательного контроля без матрицы. При статистической обработке для сравнения парных данных использовали критерии Манна–Уитни и Уилкоксона, для определения корреляционных связей — критерий Спирмена.

Результаты. Чувствительность и специфичность жидкостной биопсии ликвора без преамплификации составили 14,3 и 100% для пациентов с глиомами степени злокачественности 1–3 и 50 и 100% для пациентов с глиомами степени 4. После преамплификации данные значения составили 57,1 и 50% для глиом степени 1–3 и 75 и 80% для глиом степени 4. Отмечена значимая взаимосвязь между уровнями внеклеточной ДНК и объёмом, степенью злокачественности опухоли, а также характером её контрастного накопления (отсутствие, умеренное/неравномерное, интенсивное, кольцевидное).

Заключение. Жидкостная биопсия с предварительной амплификацией ДНК обладает ограниченными чувствительностью и специфичностью в выявлении глиом, однако позволяет оценивать важные характеристики опухоли, что может быть полезно для выбора терапевтической тактики.